Manga i 1 seria anime mają co nieco wspólnego do około 20 odcinka 1 serii a i tu troche pewnie przesadziłęm, bo w 1 serii anime było około 5 odcinków które na dobrą sprawe nic nie wnosiło do serii czyli fillery. (wszystko się względnie zgadza z mangą do pojawienia się Greed'a, a dalej totalna rozbieżność).
Podstawowe różnice między mangą a 1 serią anime to różne homunkulusy (niema Wratha, Sloth... tzn są ale zupełnie inne, zabawny fakt że np Lenistwu ze względu na jego przedyspozycje fizyczne rozkazano pracować

). Inna jest też metoda powstawania homunkulusów niż w anime. Manga ma mase zabawnych wstawek, ale autor potrafi też dobrze prowadzić na poważnie główny wątek. Na przykład mój ulubiony moment przy którym można spaść z krzesła xD Barry the Chopper (ten w zbroi z czaszką) zakochujący się w Rizie Hawkeye
http://www.onemanga.com/Full_Metal_Alchemist/30/39/
albo scena na którą liczyłem w 2 odcinku 2 serii ale niestety się nie doczekałem - dialog między Ed'em a Mustangiem po egzaminie na Alchemika
http://www.onemanga.com/Full_Metal_Alchemist/24/39/
W fabule mangi wyjaśniona jest przeszłość Hohenheima, jak i twórcy wszystkich homunkulusów. Nie ma takich dziur i niedopowiedzeń, gdyż np. jak przypominalem sobie tuż po przeczytaniu mangi 1 serie anime co 2 odcinek pytałem się "że co? / ale dlaczego? / a co dalej?" rzeczy na które praktycznie nie zwracało się uwagi teraz mnie drażnią, i mam nadzieje że w Brotherhood będzie lepiej, pełniej to zaprezentowane